|
|
Rentgenová počítačová tomografie embrya myši
Šejnohová, Marie ; Walek, Petr (oponent) ; Kolář, Radim (vedoucí práce)
Jedním z cílů diplomové práce je porovnání možností dostupných mikro-CT. Teoretická část se zabývá možnostmi barvení měkkých tkání a embryí z důvodu zvýšení kontrastu mikro-CT snímků u těchto tkání. Dále se zde popisují zdroje záření a detektory dostupných mikro-CT systémů. V praxi bylo realizováno barvení embrya ve spolupráci s Ústavem embryologie a histologie v Brně. Následně proběhlo skenování na stanici v Brně na FSI, v Praze na ČVUT a synchrotronu Elettra v Itálii. V práci jsou popsána měření embrya myši pomocí výše uvedených zařízení a výsledky porovnány. Nejlepších výsledků bylo dosaženo na mikro-CT v Brně, kde se využívá rentgenová trubice a flat panel detektor. Tyto snímky se použily pro segmentaci chrupavčité tkáně čichového ústrojí pomocí metody 3D region growing. Z výsledných dat byly vytvořeny 3D modely za účelem porovnání s manuálně segmentovaným modelem. Poloautomatickou segmentací se dosahuje méně přesných výsledků, ale z hlediska časové náročnosti je tato metoda vhodnější.
|
|
|
Výpočtová simulace tlakové zkoušky kovové pěny s otevřenými buňkami
Homola, Václav ; Skalka, Petr (oponent) ; Ševeček, Oldřich (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá výpočtovou simulací tlakové zkoušky niklové pěny, jejíž model geometrie je sestaven na základě zpracování mikro-CT snímků reálného vzorku. Simulace tlakové zkoušky byla provedena s využitím explicitního řešiče v SW LS-DYNA, jejímž výstupem byla jak deformačně-napěťová odezva pěny, tak její deformovaná síť určená pro další analýzu. V rámci simulace tlakové zkoušky byly provedeny citlivostní studie, pomocí nichž bylo vybráno optimální nastavení modelu poskytující co nejlepší shodu deformačně–napěťové odezvy s experimentem. V dalším kroku byla provedena simulace tahové zkoušky v prostředí ANSYS Classic, jejímž cílem bylo určit moduly pružnosti ve třech navzájem kolmých směrech niklové pěny stlačené na různou úroveň. Provedené simulace odhalily relativně velkou míru anisotropie pěny z pohledu modulu pružnosti v tahu. Lze konstatovat, že dostupná experimentální data korespondují velmi dobře s numerickým odhadem elastických vlastností studované pěny (do určité míry jejího stlačení). V práci byl rovněž analyzován vliv velikosti použitých prvků na vypočtené moduly pružnosti, kde se ukázalo, že rozdíl mezi jemnou a hrubou sítí není zanedbatelný a je tudíž nutné věnovat volbě velikosti sítě patřičnou pozornost. Na základě této studie byla doporučena optimální úroveň diskretizace a celkové nastavení modelu pro dosažení co nejlepší shody modelu s experimentem.
|
|
|
Segmentation and morphological analysis of mouse embryo choroid plexus
Parobková, Viktória ; Jakubíček, Roman (oponent) ; Chmelík, Jiří (vedoucí práce)
The Choroid Plexus is a regulated gate between blood and cerebrospinal fluid and takes place in several functions connected with the neural system. However, many functions are still unknown caused by the fragility, location and shape of the plexus. Thus the noninvasive techniques are used to access this crucial brain component located within the ventricles. Moreover, there is a link between its shape and brain pathologies. This project aimed to extract the ChP of the 4th ventricle by implementing segmentation methods followed by morphological analysis to discover patterns between the shape and disease.
|
|
| |
|
|
Automatická segmentace cévních systémů myších jater v tomografických datech
Smékalová, Veronika ; Odstrčilík, Jan (oponent) ; Kolář, Radim (vedoucí práce)
Metodika zobrazení měkkých tkání se v biologii a medicíně diskutuje již řadu let. Celou dobu se vyvíjí metody, jak dosáhnout věrohodného a přesného zobrazení požadované tkáně či struktury. Rentgenová výpočetní tomografie výrazně pomáhá k dosažení tohoto cíle, ale je nutné neustále inovovat a vylepšovat techniky barvení tkání pro kontrastní zobrazení pod rentgenovým zářením, a také metody zpracování takto pořízených dat. Tato práce se zabývá problematikou zobrazení měkké tkáně myších jater s využitím mikro CT, uvádí postup kontrastování tkáně s využitím syntetické pryskyřice Mikrofilu, a také zpracování pořízených dat metodou prahování a nárůstu regionů s cílem zobrazení měřeného vzorku ve 3D.
|
|
|
Určování mechanických vlastností spongiózní kostní tkáně proximální části holenní kosti
Leinweber, Vít ; Valášek, Jiří (oponent) ; Marcián, Petr (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá určováním mechanických vlastností spongiózní kostní tkáně proximální části holenní kosti. Na začátku je teoretická část, která obsahuje popis anatomie holenní kosti z makroskopického i mikroskopického pohledu, pojednání o růstu kostní tkáně, vlivy mající dopad na růst kostní tkáně a popis mechanických vlastností kostní tkáně. Teoretická část je završena podrobnou rešerší článků zabývajících se problematikou této práce. V praktické části jsou změřeny morfometrické parametry spongiózní kostní tkáně a podrobně popsán princip jejich měření pomocí programu ImageJ a rozšiřujícího pluginu BoneJ. Dále je podrobně popsán proces tvorby výpočtového modelu a následně jsou prezentovány výsledky zjištěných mechanických vlastností. Z výsledků jsou vytvořeny regresivní modely popisující závislosti spongiózní kostní tkáně proximální části holenní kosti na měřených histomorfometrických parametrech.
|
|
|
Vliv ontogeneze endostu na chybu měření biomechanických parametrů transverzálního průřezu kosti stehenní
Königová, Viktória ; Sládek, Vladimír (vedoucí práce) ; Friedl, Lukáš (oponent)
Ve studiích zabývajících se metodikou měření biomechanických parametrů transverzálního průřezu na základě mikro-CT snímků dlouhých kostí nedospělých jedinců byla zjištěna největší chyba měření při použití automatické metody vyznačení endostálního obrysu. Zároveň byl pozorován pokles chyby měření s věkem. Cílem této práce je vytvoření kritéria umožňujícího spolehlivé použití automatické metody vyznačení endostálního obrysu u nedospělých jedinců na základě ontogenetických změn nepravidelnosti tvaru endostálního obrysu. Tvar endostálního obrysu byl kvantifikován pomocí čtyř parametrů (cirkularita, solidita, kulatost a poměr os), které byly následně testovány na 91 jedincích od narození do rané dospělosti. Z ontogenetických změn tvaru endostálního obrysu jsme pozorovali signifikantní pokles míry členitosti, který byl nejvíce patrný na změnách cirkularity. Na základě cirkularity bylo vytvořeno kritérium pro použití automatické metody vyznačení endostálního obrysu. Cirkularita automaticky vyznačeného endostálního obrysu signifikantně predikuje, jestli chyba měření parametrů průřezové geometrie při použití automatické metody přesáhne hranici 5 % procentuální predikční chyby. Aplikace kritéria minimální hranice cirkularity (0,83 pro MA, 0,71 pro CA a 0,7 pro ZP) umožní spolehlivé použití časově úsporné...
|
|
|
Segmentation and morphological analysis of mouse embryo choroid plexus
Parobková, Viktória ; Jakubíček, Roman (oponent) ; Chmelík, Jiří (vedoucí práce)
The Choroid Plexus is a regulated gate between blood and cerebrospinal fluid and takes place in several functions connected with the neural system. However, many functions are still unknown caused by the fragility, location and shape of the plexus. Thus the noninvasive techniques are used to access this crucial brain component located within the ventricles. Moreover, there is a link between its shape and brain pathologies. This project aimed to extract the ChP of the 4th ventricle by implementing segmentation methods followed by morphological analysis to discover patterns between the shape and disease.
|
|
|
Studium morfologie aneuryzmatu břišní aorty
Eberlová, Lada ; Valenta, Jiří (vedoucí práce) ; Stingl, Josef (oponent) ; Šebesta, Pavel (oponent)
Aneuryzma abdominální aorty (AAA) je závažné onemocnění postihující v rozvinutých zemích asi 3 % mužů nad 65 let. Za aneuryzma je u břišní aorty považována dilatace všech vrstev stěny nad 3 cm. Většina AAA je malých a asymptomatických, a ačkoli riziko jejich ruptury roste s velikostí aneuryzmatického vaku, praskají i malá aneuryzmata. Mortalita ruptur se pohybuje kolem 70 %. Operace je u asymptomatických pacientů indikována u průměru AAA nad 5,5 cm. Jelikož je průměrná rychlost růstu AAA 0,3 cm za rok, vzniká u časně diagnostikovaných pacientů několikaletý interval pro farmakologické ovlivnění progrese tohoto onemocnění. Znalost patogeneze je nezbytná pro každou cílenou farmakoterapii. Základem našich prospektivních nerandomizovaných studií je použití stereologických metod pro histopatologická hodnocení vzorků AAA. Získaná data pak umožňují statistické hodnocení včetně testování hypotéz. Ve studii zaměřené na histopatologii vzorků jsme u 65 pacientů s AAA (65 stěn a 55 trombů) a 6 normálních břišních aort od orgánových dárců hodnotili tyto parametry: délkovou hustotu elastinu, plošný podíl elastinu a kolagenu v intimě a medii, plošný podíl aktinu, desminu a vimentinu ve stejné referenční ploše. V celé stěně jsme odhadovali počet cévních profilů na jednotku plochy, plošný podíl granulocytů a...
|
|
|
Určování mechanických vlastností spongiózní kostní tkáně proximální části holenní kosti
Leinweber, Vít ; Valášek, Jiří (oponent) ; Marcián, Petr (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá určováním mechanických vlastností spongiózní kostní tkáně proximální části holenní kosti. Na začátku je teoretická část, která obsahuje popis anatomie holenní kosti z makroskopického i mikroskopického pohledu, pojednání o růstu kostní tkáně, vlivy mající dopad na růst kostní tkáně a popis mechanických vlastností kostní tkáně. Teoretická část je završena podrobnou rešerší článků zabývajících se problematikou této práce. V praktické části jsou změřeny morfometrické parametry spongiózní kostní tkáně a podrobně popsán princip jejich měření pomocí programu ImageJ a rozšiřujícího pluginu BoneJ. Dále je podrobně popsán proces tvorby výpočtového modelu a následně jsou prezentovány výsledky zjištěných mechanických vlastností. Z výsledků jsou vytvořeny regresivní modely popisující závislosti spongiózní kostní tkáně proximální části holenní kosti na měřených histomorfometrických parametrech.
|
host ::
RSS.